iPhone SE继续沿用了iPhone 5s的外观，并在后者基础上采用了喷砂工艺和全新的不锈钢logo。除了4英寸屏幕之外，与iPhone 6s没有太大差别，iPhone SE支持Live Photos与Apple Pay，相比iPhone 6s不支持3D Touch，售价399美元起，大陆售价3288元起。

性能上，iPhone SE和iPhone 6s在性能上一样强悍，采用64位A9处理器和M9协动处理器，并且同样配备了2G内存。配备了1200万像素摄像头，能够拍摄4K视频，另外新的画面处理器能够让iPhone SE的图片质量更加。图像处理功能略强于iPhone 6s。苹果强调iPhone SE的提升在于电池。

iPhone的多点触控和手势操控是基于FingerWorks发展的技术，iPhone的触屏具有热感功能，用户可利用手指在触屏上滑动进行手机操作，虽然触控笔可用于iPhone的手指触控屏幕，但大部分的手套和触控笔都能防止必要的导电性。iPhone 3GS后来还有耐指纹疏油涂层，能避免用户的指纹留在iPhone的屏幕上。

iPhone的屏幕有多个感应器；感应器会在用户通话时因手机贴近脸部而暂时关闭屏幕，此举是为了节约用电量，以及减少用户面部或耳部因触碰屏幕而造成的错误操作。可见光线性光感应器可根据环境亮度而调节屏幕亮度，以此节约电量。三轴动作感应器可根据用户手持iPhone的方向，调整手机画面的方向，并自动调整手机横向画面或纵向画面。加速度感应器可用于控制第三方应用程序，其主要用于游戏功能。而从iPhone 4起，手机内还配备了陀螺感应器，用以加强对用户移动iPhone的感应。