一、种植业与养殖业严重脱节
1.畜牧业经营方式及饲养规模的转变
80年代，我国处于自认经济时期，畜禽大部分分散经营饲养头数少，规模小，农牧脱节，由农业生态系统的肥料，转变为生态环境的肥料。80年代后，随着我国“菜篮子”工程建设，畜禽养殖业发展迅速1991年北京养猪场1684个，其中规模养猪场1022个。饲养数量增多，没有响应配套耕地对其粪便进行消纳，畜禽粪便不能及时被农业利用，从而使粪便发生变“宝”为“废”，变“利”为“害”的质的转变。
2.规模化畜禽养殖场布局不合理
随着菜篮子的发展，各级政府高度重视畜禽养殖业的发展，考虑到运输等方面的原因，为降低成本初期养殖场大多健在城市郊区，随着城市的发展和人口的增加，有些养殖场与周边城镇居民点日益接近连为一体，甚至成为城区的一部分，形成目前大、中城市周边大型养殖场比较集中的现状，加快了大众城市生态环境的恶化。
3.农业由使用粪肥转向使用化肥
随着我国的改革开放，农村劳动力结构发生了重大变化，留下来从事农业生产的多为弱劳力。由于粪便体积大，数量多畜禽粪尿还田费劳力，成本高，而化肥具有肥效高，运输、储存、使用方便特点，深受农民欢迎，因而化肥得以大量使用。可以认为“喜化肥弃有机肥”是规模化养殖场造成环境污染的一个重要原因。由于畜禽养殖集约化程度越来越高，专业化特征越来越明显，终导致养殖业与种植业的日益分离。从事养殖的不种地，粪便不能当做肥料;种地的不再从事养殖，农田靠化肥。致使城郊畜牧场密集区的粪便积压，成为公害。
二、相应环境政策和环境管理严重滞后
1.缺乏相应的环境政策、法规
(1)畜禽养殖业的环境管理起步晚，环境政策、法规明显缺乏 我国对畜禽养殖业的环境污染的现状极不相称，2001年以前国家没有指定有关畜禽养殖业环境管理上的专门法律法规 。尽管1996年农业部下发的《关于九五期间加快能源环境工程建设的通知》(农环能发【1996】1号)，但是由于认识、政策、资金、技术等方面原因，这些规定未得到有效落实;除上海市制定了管理条例外，只有少部分省、市在规定中对这一问题有所涉及，但大多是原则性规定，缺乏可操作性，在省级一下部门基本没有对畜禽养殖环境的环境管理提出相关的规定和要求。
(2)在畜牧业发展上，农业与环境政策脱节
政策制定环境的脱节。各级农业部门都将畜牧业发展作为农村产业调整，实现农业增长的重点内容加以推行，但由于环境保护，不是其核心职能，因此其政策中没有充分体现畜禽养殖业污染防治内容。同样，环境保护部门，过去工作重点主要集中在大中城市和工业，因此没有将畜禽养殖污染防止纳入其水污染，大气污染、固体废弃物污染防治重点内容中。这样一来，在强调产业发展背景下对畜禽养殖环境管理出现了所谓的“真空”。
政策执行过程的脱节。在政策执行过程中，这种政策制定上的脱节不断被放大。在基层的环境管理中，农业部门对促进包括畜禽养殖在内的农业发展智能非常明确，而环保部门对环境管理(包括对畜禽养殖在内的农村环境管理)却缺乏相应的职能和手段，所以，多年来畜禽养殖业的环境管理基本上处于放任自流状态。总之，农业与环境政策在制定和执行方面上脱节，导致目前我国畜禽养殖业环境管理非常薄弱。
2.规模化畜禽养殖环境管理严重滞后
受职能制约，各级环保部门过去忽视了畜禽养殖业带来的环境问题。长期以来农业生产中的环境管理一直是农业部门的职责，各级环保部门对农业环境的监督管理比较薄弱。加之规模化畜禽养殖业生产企业是近20年发展起来的，现行的污染防治管理法规、政策主要针对城市与工业污染源，对畜禽养殖业生产企业没有执行环境影响评价(简称环评)和三同时制度及排污许可证制度，全国没有统一的畜禽养殖业污染防治法规和污染物排放标准。而且大中型畜禽养殖基地的建设是各地政府“菜篮子”工程的重要组成部分，对于城市副食品供应意义重大，不可能简单地实施‘“关、停、并、转、迁”，环保部门对其加强监管尚需要一个过程。
3.畜禽养殖场内部环境管理薄弱
干湿分离率指标、固体废物处理设施的比率、污水处理设施的比率可直接或间接地反映畜禽养殖自身环境管理水平及环境投资情况。通过对北京规模化畜禽养殖场的内部环境管理进行调查，北京进行干湿分离的比率%猪23.69 肉鸡22.73 蛋鸡34.74肉牛13.79奶牛33.6鸭25.64 .干湿分离中的机械分离比例%猪31.73肉鸡10.0 蛋鸡27.27 肉牛75.0 奶牛21.43 鸭30.0。有固体废物处理设施的比例%猪10.25 肉鸡3.41蛋鸡4.12.63肉牛10.34奶牛12.8鸭2.56。有污水处理设施的比例%猪8.88肉鸡1.14蛋鸡4.21肉牛6.9奶牛8.8鸭5.13。从此总体上看我国畜禽养殖内部环境管理粗放、薄弱。60%的养殖场缺乏干湿分离这一为必要的环境管理措施;对于环境治理及综合利用投资力度明显不足80%的规模化畜禽养殖场缺乏必要的污染防治设施及投资。
由于大规模养殖对环境的影响较大，畜禽养殖场受到宏观环境管理的直接或间接压力也必然增大，促使较大规模的畜禽养殖场主提高了环境意识;而且随着畜禽养殖规模的提高，畜禽养殖场改善环境投资的承受能力也会相对提高，其污染治理水平也会相应提高。
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三、缺乏实用的畜禽粪便处理技术
由于我国发展集约化养殖的时间不长，缺乏经验、资金短缺、尤其是认识不足，因此没有把畜禽粪便处理作为集约化畜禽生产的一个重要环节列入畜禽养殖场建设计划。在畜禽养殖场规划设计时，忽视大量畜禽粪尿对环境和畜禽自身的影响，缺乏经济有效的收集、处理综合利用配套技术与设施。甚至从国外购进的成套设备中，为了节省外汇竟未购进粪污处理设备，加上盲目引进原本不科学、更不适合我国国情的“猪舍水冲清粪”工艺。从而更加重了污染程度。
在过去的几十年中，人们一直关注工业废水和市政生活废水的处理，其治理技术较为完善。随着规模化畜禽养殖场环境问题的出现，直到20世纪80年代后期国内才开始关注并开始研究畜禽养殖场废水处理技术，并急于寻找解决粪便污染的途径。目前国内一些研究单位对畜禽粪污处理技术和途径进行了研究，并建成一些示范工程，但是由于存在废水处理工程投资达及废水处理过程运转费用高等问题，使得想上工程的养殖场由于资金问题而放弃;即使已建工程，也由于运转费的问题没有按规定运转，仅仅应付环保检查才运转，有些处理工程，由于存在设计、技术、管理及使用等问题，废水处理和净化鲜果较差，达不到处理要求。同时畜禽粪污综合利用技术在某种程度上也引起人们的广泛重视。
因此，由于缺乏各种实用的、低成本的、处理效果好的畜禽粪污处理和综合利用技术，从而使得规模化畜禽养殖场的污染问题未得到有效解决，这也使得规模化养殖场的污染问题未能得到有效地解决，这也是畜禽养殖场产生环境污染的主要原因。
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