基于收付实现制编制的现金流量表和基于权责发生制编制的利润表本来就存在延迟性差异，由于银行承兑汇票参与交易再额外增加延迟性差异，将会使现金流量表和利润表之间的关联性更加弱化，而一旦企业收到银行承兑汇票或用银行承兑汇票支付款项节奏不均衡，或者企业集中兑付、解付银行承兑汇票而导致期间变动较大时，现金流量表中“与经营活动相关的现金流入（出）量”将与主营业务收入（成本）严重偏离，甚至会出现相互背离的情形。
企业在进行银行承兑汇票贴现时，会将收到的现金计入“销售商品、提供劳务收到的现金”中，企业可以根据需要自主选择对所持银行承兑汇票的贴现时机，如此以来，可能会出现企业为了不同目的而通过贴现方式调节某一期间的经营活动产生的现金流量，从而导致现金流量表数据不能客观反映企业真实的经营现金流量情况。
在经营过程中，企业收取下游客户背书的银行承兑汇票时，更加关注的不是这家企业本身的行业地位和实力规模，而是银行承兑汇票的出票银行，实力雄厚、兑付信用强的银行作为承兑银行签出的银行承兑汇票，流通性更强、交易风险更低、贴现成本相对更低。
当企业收到票据后，网银经办操作员可在“汇票服务”——“电票背书”——“背书申请”下，进行票据的背书（转让）操作。经办人员勾选需要背书（转让）的票据，填写“被背书人”信息（账号、名称、开户行），完成后点“提交”，再由授权人员登录网银进行授权操作，操作完成后将发送对方企业。