化粪池内有大量沼气，有毒。但池中沼气通常会从盖子的缝隙中逸出，随风飘散，下雨时，雨水流入化粪池，导致水位上升，迫使更多的沼气和其他废气排出，空气中弥漫着臭味。所以要定期清理化粪池。
其次再用一根长度为5米左右的竹竿往化粪池里插，清理化粪池里的污物和污水的深度。若是清理化粪池里的深度超过1.5米，我们就得用比化粪池还深1米左右的竹梯或者其它梯子放到化粪池里。
经过三个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为稳定的无机物，易腐生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水量。定期清理和运输污泥进行填埋或用作肥料。
可以说化粪池变废为宝，但在日常生活中，化粪池里总会堆积一些废物，无法完全分解。这时候化粪池时间长了会堵，不及时处理会污染环境。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。