从体形看 身体短粗而丰满、腹部肥大者为雌鱼，雌鱼越接近临产时腹部膨大越明显，尤其是到了4月中下旬，雌鱼的腹部就特别胀大；体形瘦长者为雄鱼。
从生殖孔看 雌鱼生殖孔宽而扁平，稍有外凸，用手轻压腹部有卵粒排出；雄鱼生殖孔小，内凹，成熟的雄鱼轻压腹部便有白色精液流出。
锦鲤主要观赏背面，所以选择上下较扁、剖面是扁椭圆形、整体呈纺锤形的，而色彩则根据培育目的来选择相应体色的亲鱼。例如，要培养红白锦鲤，就应从红白品系中选择健康的雌、雄鱼作亲鱼。如果在培养繁殖用锦鲤时，将不同品系亲鱼放在一口大鱼塘中任其自然繁殖，这样显然不能获得满意的结果。
繁殖用亲鱼可按一雌二雄或二雌三雄的比例，这样可以保证精子数量充足，以提高受精率。虽然1龄锦鲤已成熟，但为了保证质量，雄鱼选3龄～5龄的亲鱼，雌鱼一般要在4龄～10龄，这样的亲鱼体质健壮，生殖腺饱满，卵子和精子的活力强，受精率和孵化率都很高，用作亲鱼理想。若亲鱼的年龄太大，其受精卵的孵化率会降低。
红白系锦鲤中应淘汰红斑纹颜色淡的个体；黄金系锦鲤头部无光泽、鳞片覆盖不好、鱼体杂斑多、胸 鳍生长不好的个体均应淘汰。锦鲤在饲养过程中淘汰率很高：亲鱼产10万粒卵，获仔鱼6万尾～7万尾，夏花3万尾，经次挑选剩1.6万尾，到秋季越冬时只剩3600尾左右。