锦鲤的卵径一般2.1mm～2.6mm，产出后吸水膨大，卵膜外举，黏性，会黏附于鱼巢上孵化。 待亲鱼产完卵后，水面平静，亲鱼沉入水底时应及时取出附满卵的鱼巢，以免亲鱼食卵，用5％～7％的食盐水浸泡5分钟，或百分之三的蓝溶液中浸泡5分钟，防止水霉病的发生，再放入孵化池中孵化。
锦鲤人工授精的操作过程与金鱼的人工授精方法基本一致，只不过是锦鲤的个体较大，在做人工授精时要将亲鱼抱在手中，用一手握住鱼的尾柄，一手握住鱼的头下背脊处，腹部朝上成45度角，轻轻擦干体表，然后轻压雌鱼腹部，使卵子流入干燥的白色脸盆中。
同时将雄鱼的精液挤于其上，用过的羽毛轻轻搅拌，使之授精，2分钟～3分钟后，即将受精卵均匀地倒入预先置于浅水脸盆的鱼巢上，静置十几分钟后待受精卵粘固，用清水洗去精液，即可进行孵化。
挑选工作在孵出后3个多月内进行3次～4次。挑选因品种的不同、生长速度和斑纹出现时间等方面的差异而略有不同。挑选时，首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼，还要依照花纹的生长状况和质量标准进行挑选。