主要是恢复操作系统、文件系统层的数据。这种丢失主要是软件逻辑故障、病毒木马、误操作等造成的数据丢失，物理介质没有发生实质性的损坏，一般来说这种情况下是可以修复的，一些专用的数据恢复软件都具备这种能力，如winhex，rstudio等。在所有的软损坏中，系统服务区出错属于比较复杂的，因为即使同一厂家生产的同一型号硬盘，系统服务区也不一定相同，而且厂家一般不会公布自己产品的系统服务区内容和读取的指令代码。
覆盖恢复：
恢复难度非常大，一般民用环境下因为需要投入的资源太大，往往得不偿失。但是在的国防军事等国家统筹或者个别掌握科技的硬盘厂商能做到，具体技术都涉及核心机密，无法探知。
硬件故障
由于操作不当、意外掉电、使用时间过长等原因引起的磁盘失效、电源不稳等问题，而造成的数据丢失或无法恢复。
自然因素损坏
由于潮湿、风沙、雷电及意外事故（如电磁干扰、地震）等，也有可能导致数据丢失，当然，这一因素的可能性相对较小。
另外一个成本相对较低的解决方法就是在你的电脑上安装第二个硬盘，当操作系统被破坏时，第二个硬盘驱动器不会受到任何影响，如果你还需要购买一台新电脑时，这个硬盘还可以被安装在新电脑上，而且这种硬盘安装非常简便。如果你对安装第二个驱动盘的方法不很认可，另一个很好的选择就是购买一个外接式硬盘，外接式硬盘操作更加简便，可以在任何时候用于任何电脑，而只需要将它插入USB端口或者firewire端口。