保证贷款合同纠纷应当按照《担保法》及相关法律法规、司法解释处理。
(1)关于主体问题。保证贷款合同签订时应当特别注意保证人的资格问题，担保法第7条、第8条、第9条、第10条专门规定了哪些人可以作保证人，哪些人不可以作保证人。一般而言，具有社会公益性质的主体及不能独立承担民事责任的主体不得担任保证人。
(2)保证合同的签订。签订保证合同在实践中大致有下列方式：保证人与贷款人专门签订书面保证合同；保证人在借贷合同上签字或盖章表示愿意承担保证责任；保证人单独向贷款人出具书面的保证书。
(3)保证人的责任。保证可以分为一般保证和连带责任保证。
由于一般保证的保证人承担单方性、无偿性的法律责任，故对保证人尽了义务而债权人怠于行使权利，应该免除保证人一定范围内的保证责任。即是保证人在贷款合同履行期满后，向商业银行提供了可供执行财产的真实情况的，银行放弃或者怠于行使追偿权利而致使该财产不能执行的，保证人可以请求法院在其提供执行财产的实际价值范围内免除保证责任。
在商业银行与借款人的贷款活动中，常常有协议以新贷还旧贷的情况发生。在此活动中，保证人是否还承担保证责任呢？基于主合同主要内容变更，保证人不再承担责任的原理，以新贷偿还旧贷属于主合同变更，保证人除该变更协议知道并应当知道外，不承担民事责任，但如果旧贷的保证人又为新贷作保的话，那么保证人的责任不能免除。
住房抵押贷款是银行为保证贷款的，把借款人的房地产、有价证券及其他凭证，通过一定的契约合同，合法取得对借款人财产的留置权和质押权而向其提供的一种贷款。这种贷款实际上是债务人(抵押人) 在法律上把财产所有权转让给债权人 (抵押权人) 以取得贷款，这期间如果债务人不能按期偿还贷款本金和利息，债权人有权处分抵押物，并可优先受偿的贷款方式。这种贷款方式，可以减少债权人的贷款风险，为债权人收回贷款提供了有效的保证。在住房信贷中采用抵押贷款是基于银行经营资金的性、流动性和盈利性考虑的。由于这项住房贷款的借款人大都是居民个人，而借款人的资金实力和信誉程度银行不可能了解清楚，这样就增大了银行贷款的风险，而抵押贷款恰恰在贷款风险较大的情况下，为债权人提供了收回贷款的有效保证。因此，银行在对居民个人的住房贷款中，大都采用抵押贷款方式。