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北京儿童医院设备先进、设施完善、技术力量雄厚，科室齐全，设有呼吸科、泌尿外科、重症医学科、血液肿瘤中心等35个临床和医技科室。医院拥有国家呼吸系统疾病临床医学研究中心，儿科重症、小儿呼吸、中西医结合儿科、小儿外科和临床护理等5个国家临床重点专科建设项目，还拥有儿童白血病分子分型、小儿耳鼻咽喉头颈外科、儿科呼吸感染等3个北京市重点实验室，北京市儿童外科矫形支具工程技术研究中心以及小儿先天性心脏病中心、小儿实体瘤中心、儿童睡眠疾病中心等1 6个市级医疗中心。在小儿复杂先心病的手术、各类脊柱畸形的矫正、小儿泌尿畸形矫正、腹胸腔镜、急腹症及创伤以及
神经、呼吸、内分泌、肾病、血液透析、耳鼻喉、纤维支气管镜、影像技术等专业疾病的诊断及诊疗设备居国内地位，并率先在国内将儿科就诊年龄扩大到18岁。
北京儿童医院共有在职职工2105人，其中医生597人，护士927人，医技279人。正高级职称138人，副高级职称168人，中级职称570人。医院拥有中国现代儿科医学奠基人诸福棠、小儿白血病专业学科带头人胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士，以及突出贡献专家9人，享受政府特殊津贴人员31人，先后有38人次入选“十百千”人才资助。
北京儿童医院小儿泌尿外科注重开展国内外学术交流，同时是国内小儿泌尿外科专科医师培训基地。近些年在包括美国新英格兰杂志在内的国内外核心期刊发表论文350余篇。多次获得北京市和北京市卫生局科技进步奖。已完成或正在完成首都医学发展基金、卫生部重点支撑项目、跨世纪人才工程和十百千工程等多项科研项目。2012年获得国家自然科学基金支持，对尿道下裂的病因学进行了深入的研究。近年来获得专利近10项。