北京同仁医院以医院综合医疗为主体，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所为附属科研机构，形成 “一院三所”发展格局，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为中医重点学科。
北京同仁医院作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务;首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在医院内。医院现有研究生学位点28个，其中博士学位点13个;硕士研究生导师163名，其中博士研究生导师67名，国家住院医师规范化培训专业基地16个。2012年以来，医院获批项目(课题)243项，获省部级及以上(含社会力量奖)31项，其中国家奖3项。
在临床相关研究方面，北京同仁医院眼底科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。
教学方面：培养了多名硕士研究生并指导了上百名住院医，进修医，主治医及副主任医师的临床工作。科研成果: 以第 一作者和通讯作者的身份在核心期刊上发表论文30多篇，其中SCI文章4篇。参编论著6部。申请了北京市及科委的基金2项，已顺利结题。实用新型专利2项。