在几代人的共同努力下,北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院,拥有二十个学科为国家临床重点专科建设项目(骨科、药剂科(临床药学)、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科(整形外科)、运动医学科),妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心,产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
北医三院拥有3个教育部创新团队:骨科、运动医学研究所、妇产科;3个教育部重点实验室:辅助生殖、分子心血管学(参与)和视觉损伤与修复(参与);1个国家卫生健康委重点实验室:心血管分子生物学与调节肽;8个北京市重点实验室:磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。
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