先后获国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖4项、何梁何利科学技术与进步奖，谈家桢生命科学临床医学奖，转化医学杰出贡献奖，吴阶平医药创新奖，中国工程院光华工程科技奖。北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号
黄晓军，教授、主任医师、博士生导师。教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者，国家百千万人才工程“有突出贡献中青年专家”，科技北京百名领军人才。
黄晓军教授主持国家863计划、国家杰出青年基金、国家自然基金重点项目等国家项目，在白血病等恶性血液病的、诊断等方面进行了系统性和开创性工作，以或通讯作者身份在新英格兰医学杂志（New Eng J Med，2篇）、临床肿瘤学（J Clin Oncol，1篇）、血液学（Blood，6篇）、白血病（Leukemia，5篇）等国际期刊发表SCI论文190篇，主编专著20部。牵头制定多项中国及亚太血液病指南/标准并推广普及，主持我国高水平多中心临床研究，领导建设中国造血干细胞移植登记数据库、慢性髓性白血病联盟，促进我国血液病诊治的规范化及人才建设。
2007年担任国家杰出青年科学基金项目负责人，创新团队带头人。负责承担国家自然科学基金国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等多项基金。发表论文100多篇，综述10多篇，专著10部。1996年被评为硕士研究生导师，1999年获北京市医务工作者，2003年获北京市五、四青年称号，被评为博士生导师。2005年被评为教育部“新世纪人才”。在2006年获中华医学科技奖二等奖，2008年卫生部吴杨奖获得者，2008年中国医师奖获得者。