保函保证金是指针对银行保证函所支付的保证金。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书。其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
开具保函后，投标人或承包人应及时向招标人、业主送达或通过当地银行代交保函。 保函的递交方式，主要有招标人或承包人亲自递交、邮寄、银行传递等。有的合同规定，招标人或业主为保护自身利益，只接受当地银行开出的保函。
如果委托人与当地银行没有业务往来关系，又无资金存入当地银行时，则可以先在我国或第三国的银行开具保函到当地银行，再由当地银行向招标人或业主签发保函。应注意的是，不管用何种方式递交银行保函，都应该要求招标人或业主等在收到保函后，出具收到保函的证明文件。
在保函有效期内，经办人要密切与担保银行的联系，随时向担保银行提供足以证明合同义务履行的文件、资料，要求逐步减少担保金额或注销担保金额。
如有的合同是一次性履行合同义务，当一次性的合同义务履行完毕后，经办人应尽快将有关文件送给担保银行，并声明拒绝招标人的任何索赔，必要时还可要求担保银行通知招标人或业主。
如有的合同是多次履行合同义务的，则每履行完其中一项义务后，经办人就应当向银行提供一次文件(提单、发票、完工证书、验收证明等)，并要求递减担保金额，以拒绝招标人对这一项义务的索赔。企业的业务部门和财务部门应密切配合共同完成这项工作，以防止或减少对外经济合同中产生的不必要纠纷和不应当承担的赔偿。
银行保函和信用证的区别是什么?
银行保函与信用证都是银行开立的，同属于银行信用，而且都被用于国际贸易中的货款支付，但两者有很大的区别，主要表现在：
1、银行付款责任不同
在信用证业务中，开证行承担性付款责任;在银行保函业务中，见索即付保函银行承担性付款责任，而有条件保函银行则承担第二性付款责任。
2、适用范围不同
信用证业务一般只适用于货物买卖，而银行保函除适用货物买卖外，更多的用于国际工程承包、投标招标、借款贷款等业务，因而适用范围更广。
3、对单据要求不同
信用证项下货运单据是付款的依据，单证不符银行可拒付，银行保函项下单据不是付款的依据，一般凭索赔书或其他文件付款。
4、能否融资不同
信用证项下受益人可通过议付取得资金融通，而银行保函项下单据不成为索汇的依据，也不能作抵押贷款，受益人不能取得资金融通。
5、与合同关系不同
信用证与合同是两个完全独立的契约;而出具有条件的保函的银行，当受益人以对方不履约，提交书面陈述或证明，要求银行履行赔偿诺言时，银行一般须证实不履约的情况，如果双方意见不一，保证银行就会被牵连到交易双方的合同纠纷中去。有的国家，如美国、日本等，法律禁止银行介入商事纠纷，故不允许银行开立银行保函。