保函一般都是银行或者相关金融机构（担保公司）出具的。金融机构（担保公司）出据的保函，称为公司保函（商业保函）；银行出具的保函，称为银行保函。
公司保函：开取较为便捷，办理资料较简单（中标通知书或合同、担保协议、反担保协议），费用较低。但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门等批准，因而其出具的保函具有区域作用限制。
银行保函：
1.保函性质：由于其出具的保函具有专业金融性质、实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强，所以，在大型工程招标流程中，招标方会在招标文件或中标文件、合同中明确要求投标单位提供银行保函而非担保公司保函。
2.办理要求：银行保函办理要求相对公司保函更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。另外，费用较担保公司保函也更高；办理手续的周期也相对更长。
由于保函一般都是无条件不可撤销的保函，一旦受益人认为被保证人履约有瑕疵，受益人只需要向担保机构写封信就可以要求保证人支付相关担保资金，而保证人不能提出任何附加条件，甚至保证人可以向被保证人索赔该资金。因此，一旦出具保函而被受益人索赔，而被保证人又无力支付相关资金，保证人将有很大的风险。所有，担保方对保函条款的风险审查和被保证人的信誉调查等都要非常重视。